两晋南北朝在秦汉时期形成的医学理论和临证医学成就的基础上，又得到了充实提高。西晋医家皇甫谧(公元215～282)稽古论今，撰成《针灸甲乙经 》12卷，128篇。该书为中国现存最早的一部针灸专书，其内容包括脏腑、经络、腧穴、病机、诊断、针刺手法、刺禁、腧穴主治等。对后世针灸医学影响很大。公元701年日本政府制定医药职令时规定，本书为医学士必修书。
魏晋名医王叔和(公元265—31 7年)博通经方，尤精切脉，对中医脉学有独到见解，其理论对后世影响深远。王叔和结合自己的临床经验，集古代诊脉法的大成，所著的《脉经》十卷，盛传于世，此书为我国现存最早的脉学专著。
切脉诊病创始于扁鹊，到《黄帝内经》已有了脉诊的基本理论。虽然在《内经》时代仍以切全身脉的遍诊法为主，但也明确提出切脉独取寸口的方法。
隋唐时期政治、经济的稳定繁荣和内外交通的发达，为医药学发展提供了良好的基础条件，公元610年，隋代巢元方等人集体编写的《诸病源候论》，是中国现存最早的病因证候学专著。全书共50卷，载列证候1700余条，分别论述了各科疾病的病因病理和症状，还记载了肠吻合术、人工流产、拔牙等手术。其中对一些病因病原理描述比较详尽科学。如：认为绦虫病系吃不熟的肉类所致。
由于用药经验不断丰富，外来药物日益增多，对药物学成就进一步总结已成为当时的客观需要。公元657年唐政府组织苏敬等二十余人集体编修本草，于公元659年完成 《新修本草》。这是中国古代由政府颁行的第一部药典，也是世界上最早的国家药典。它比欧州1542年颁行的《纽伦堡药典》早883年。该书共54卷，包括本草、药图、图经三部分，在国内外影响较大。公元71 3年，日本官方就以此书的传抄本规定为学医的必读课本。
孙思邈(公元581～682)是唐代大医学家，集毕生之精力，著成《千金要方》、《千金翼方》各30卷。二书对临床各科、针灸、食疗、预防、养生等均有论述。尤其在营养缺乏性疾病防治方面，成就突出。如认为瘿病(指甲状腺肿类疾病)是因人们久居山区，长期饮用一种不好的水所致，劝告人们不要久居这些地方；对夜盲病人，采用动物肝脏治疗等。公元752年，唐代医学家王焘所著的《外台秘要》又是一部医方巨著，全书共40卷，载方6000余首，可谓集唐以前方书之大成。为后世整理保存了大量古代医学文献。
两宋时期随着社会稳定，科技发展，中医药学取得繁荣局面。这个时期政府重视中医教育，设立“太医局”，培养中医人材的。学生所学课程包括《 内经》、《难经》、《伤寒论》等。教学方法也有很大改进，如针灸医官王惟一曾设计铸造两具铜人，作为针灸教学和考试医师之用。考试时，试官将铜人穴位注水，外用蜡封。受试者如取穴正确，可针进水出 。这是中医学教育的创举。
宋代活字印刷术的发明为校正出版历代重要医籍提供了重要支持，1057年，宋政府设置校正医书局，集中了一批著名医家，对历代重要医籍进行有计划地搜集、整理、考证和校勘。使许多濒临亡佚的重要医籍得以保存刊行，流传至今。为中国医学的发展作出了巨大的贡献。宋代在中医药各科取得重要成就，先后有陈自明《妇人良方大全》、钱乙《小儿药证直诀》、宋慈《洗冤录》、官修药典《开宝本草》、《嘉佑本草》、《本草图经》等等。
金元时代，由于连年战祸使疫病增多，迫使更新有效的医疗手段 ，所以出现了许多具有争鸣和创新的医学流派。其中有代表性的有四大家，即：被后世称之为“ 寒凉派"， 多用寒凉药物的刘完素；多用汗、吐、下三法以攻邪，被后世称之为“攻下派”的张从正；重在温补脾胃，被后世称之为“补土派”的李东垣；以养阴降火为主，被后世称之为“养阴派" 的朱震亨。而且中药的“气化说”“归经说”“升降沉浮说”等理论，经各医学家阐发，得以体系化。
明代中医药文献整理总结和各科都有很大的发展，如徐春圃的《 古今医统大全》、张景岳的《景岳全书》、杨继洲的《针灸大成》、汪机的《石山医案》等等。而取得空前得成就的是中药学，其中突出的有两书，一是官修《本草品汇精要》，以工笔彩绘1358幅精美的药图而著名。
另一是伟大医药学家李时珍(公元1518～1593年)所著的里程碑式 药物巨著《本草纲目》。此书在前人本草著作的基础上进行彻底的修订，参考文献800 余种，历时27年之久，写成了《本草纲目》，在他去世后三年首次刊行。此书载药1892种，附方11000多个，采用当时最先进的分类法，蕴含进化论思想，体例详明，用字严谨，它不仅是一部药物集大成著作，而且是一部研究动植矿物的博物学巨著，被英国生物学家达尔文称它为“中国百科全书"。
李时珍长期亲自上山采药，改绘药图，足迹踏遍了大江南北，对药物进行实地考查和整理研究，用实事求是的科学态度纠正了古代本草中不少药物品种和药效方面的错误，这部书出版后流传中外，对世界医学作出了伟大的贡献。
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